В советские времена начальников за глаза называл только по фамилии, да и коллеги как правило поступали так же. Называние кем-либо в разговоре начальника (в его отсутствие) по имени-отчеству у меня всегда вызывало некоторое ощущение в определеной "специфичности" характера говорящего. Поскольку это не было похоже ни на дань уважения, ни на элемент субординации.
В Америке - по именам, что и естественнее и комфортнее.