Начальников по цепочке непосредственного подчинения (от зав. сектором до курирующего зам. директора) или по имени-отчеству, или по фамилии, примерно 50/50. Чужих начальников, типа начальников других отделов, обычно по фамилии, наверное, потому что сложно упомнить их имена и отчества, не общаясь с ними постоянно.