А таможня-то при чем? Это ж все внутренние операции. Я купил у вас сто вагонов колбасы, заплатил НДС, колбаса лежит в холодильнике, не продается, я вернул из бюджета НДС. Но когда я эту колбасу продам или спишу, мне придется обратно заплатить этот НДС, а вот этого процесса тут уже не происходит (ибо колбасы-то нет и не было никогда). Но через границу ничего не двигается, зачем?