Таможенный кодекс здесь вообще ни при чем.
Если фирма взяла займ или кредит, и купила на него товар, то она уплатила продавцу НДС, который (как предполагается) где-то в цепочке производства был уплачен в бюджет. (важно - финансовые платежи, займы/кредиты/векселя, НДС не облагаются)
При этом сама фирма НДС ниоткуда не получала, т.е. она оказывается чистым плательщиком налога на добавленную стоимость, которой не добавляла. Чтобы исключить такую ситуацию, все известные мне правила уплаты НДС (и в России, и во всей Европе, про Америку не знаю, но предполагаю, что там то же самое) допускают возможность возврата переплаченного НДС.
Теперь посмотрим, что получается, если товар чисто фиктивный: фирма получила займ, заплатила за "товар", нарисовала остаток на складе, следующая фирма получила деньги за товар, но никакого товара не поставила, а вернула за первую займ - через какую-нибудь вексельную цепочку, чтобы деньги прошли полный круг и уничтожились.
В итоге первая фирма имеет право требования по НДС - к бюджету, а вторая - обязательство по его уплате, в такой же сумме. Вторая фирма исчезает, ничего не заплатив, а первая идет в налоговую и требует вернуть ей НДС.
Разумеется, налоговая в курсе таких фокусов, поэтому возвраты, особенно на крупные суммы, происходят только после камеральной проверки. Если у фирмы - миллиардные запасы на складе, то должна проводиться выездная.
Если же НДС возвращают мгновенно, то - сам понимаешь, это не просто так.

Кстати, есть слух, что после публикаций по делу Магницкого налоговики забросили все остальные дела и стали заниматься только возвратом НДС. Но не в том смысле, что тщательно его проверять ...