НДС - налог на то, что им не облагается, конечно. Т.е. на зарплаты, прибыль, процентные выплаты и т.п., а также на импорт. Он тем и отличается от налога с продаж.
Это очень дестимулирующий налог, причем для производителя ничего не размазывается по цепочке, он перечисляет в бюджет столько, сколько приходится на зарплаты, прибыль, проценты и т.п. именно у него (в отношении импорта немножко интереснее) и механизм возврата существует для смягчения этого эффекта. Например, при строительстве, если бы возврат НДС был невозможен, стоимость стоительства была бы выше ровно на его ставку.