Вы же сами пишете - "это плюс, если клиенты физлица, цены-то ниже". Ничто не мешает без-ндсной фирме выставить такую же цену, как у фирмы "на общем режиме", только без НДС. Т.е. не мешало бы, если бы весь НДС платился честно. Поскольку это не так, у компаний "на общем режиме" цена оказывается немного меньше, из-за того, что кто-то в цепочке продаж обязательно химичит с НДС.
Дело именно в этом конкурентном преймуществе, а не в том, что НДС кому-то "нужен".

Ну да, есть такое понятие, как восстановление НДС, но это уже в сторону.