Перетаскивается по-всякому - и целиком папками, и индивидуально, и между окнами, и командами (только не скопировать/вставить, а удалить/вставить, Ctrl-X/Ctrl-V)

А файлы чаще всего pdf.

Видимо, вы правы - придется смириться с несовершенством мира :(((