Нет, это абсолютно одно и то же. Членом ЕС является Великобритания, и выходить из ЕС (или не выходить из ЕС) может только Великобритания, так что никакой неясности здесь быть не может.

Шотландия не может "остаться" в ЕС. Она может начать процедуру отделения от Великобритании, и только после того, как ее независимость будет признана другими странами ЕС (включая Великобританию, если она к тому моменту останется в ЕС), Шотландия теоретически может подать заявку на вступление в ЕС.

Другое дело, что в этом теоретическом случае процесс вступления может оказаться ускоренным, потому что Шотландия, как часть страны ЕС, уже соответствует всем критериям и т.д.