У меня старый Epson Perfection, насчет новых моделей советовать не могу,

надо бы спросить Алексея - http://vas-s-al.livejournal.com/, он этим занимается регулярно.
Вот его рекоммендации:
Сканить лучше в формат bmp или несжатый tiff.
Разрешение по возможности не ниже 300 дпи.
Если сканер сам пытается как-то выкрутить контрастность или ещё как-то "улучшить" скан - по возможности все эти дополнительные автоулучшатели отключите.