borislvin

Ну, автора Королевское Общество наградило Дарвиновской премией, а не "отлучило" от чего-либо.

Все, что я хотел сказать - это то, что теории Кимуры и Охты, которые утверждают, что большинство изменений в генотипе не связаны с естественным отбором, и следовательно, естественный отбор - не главный двигатель эволюции, являются мейнстримом. Разве не так?

From:

Насколько я знаю - это не так.

From:

То есть, концовка этой страницы неверна? Я регулярно читаю несколько биологических блогов на сайте scienceblogs.com, один из них дал ссылку на эту страницу, и мне пример с Кимурой показался красивым.

From:

я вижу, там написано что некоторые из ученых используют похожую на выводимую из кимуровских построений гипотезу в своих вычислениях. И если я правильно понимаю, о каких ученых идет речь, то они сами бы были очень счастливы оказаться мейнстримом.

From:

Гмм. То есть биохимик Ларри Моран неправ, когда он пишет:

Neutral Theory and random genetic drift explains variation and it also explains molecular evolution and the (approximate) molecular clock. There are no other explanations that make sense and nobody has offered a competing explanation since Motoo Kimura (1968) or Jack King and Thomas Jukes (1969) published their papers almost fifty years ago. (Aside from occasional nitpicks, of course. There are always scientists who like to show that some mutations that were thought to be neutral are actually beneficial or deleterious. None of them have mounted a serious claim that most variation or most of molecular evolution can be explained by natural selection.)

Может быть, это не самый лучший пример того, как научное сообщество изменяет общепринятые теории (в том числе упомянутую Кордонским теорию эволюции) в свете новых фактов, но на антикреационистском сайте еще есть примеры.

From:

У Вас проблема с логикой. Утверждение "большая часть молекулярных изменений нейтральна относительно выживаемости индивида" не означает что естественный отбор не является двигателем эволюциии.

From:

У вас проблема со чтением. Я никогда не делал утверждения "естественный отбор не является двигателем эволюциии", которое вы мне приписываете.

From:

Читаем вместе:
большинство изменений в генотипе не связаны с естественным отбором, и следовательно, естественный отбор - не главный двигатель эволюции
В этой цитате вывод не следует из посылки.

From:

Если под эволюцией понимать изменение наследуемых характеристик от одного поколения к другому, то следует.

Скажите, Иосиф: вы в меня влюблены?

From:

Если под эволюцией понимать изменение наследуемых характеристик от одного поколения к другому, то следует.
Нет, не следует. Я бы посоветовал Вам подумать еще раз, но, боюсь, совет этот неуместен и бестактен.

From:

[прочитавши всю заметку] на мой взгляд неправ -- это очень мягко.

Вы не видите каких-нибуть итересных ообенностей его персональной странички, в сравнении со сучайно выбраной страницей другого профессора того же департамента?
http://biochemistry.utoronto.ca/moran/bch.html
http://biochemistry.utoronto.ca/clarke/bch.html

From:

Моран больше занимается популяризаторством биологии и пишет учебники?

From:

Больше? Выглядит как что он уже лет двадцать как только этим и занимается.

Насколько я помню, теория кимуры была любопытной, не более, в примерно годы своего опубликования. Уже в середине 80х ее упоминали почти исключительно по разделу история науки.
У нее есть другая роль, в которой она часто лишь упомиается, но никогда развернуто не обсуждается: каждому автору некоторой псевдонаучной еволюционной концепции надо каким то образом убежать непосильной для него задачи сравнения собственной теории с СТЭ. Популярных ход - в первом абзаце мельком упомянуть что множественная беспомощность "официального дарвинизма" была прежде продемонстрирована(дается невятная сылка на Шмальгаузена или Кимуру) и место ему на свалке, после чего продолжают изложением собственной теории в режиме монолога.

From:

Прстите, а каким образом теория Кимуры демонстрирует "беспомощность официального дарвинизма"?

From:

Я рад, что со Шмальгаузеном все понятно.

From:

bbb.livejournal.com

Прошу прощения, что влезаю - а что такое "СТЭ"? Т - это, наверно, "теория", Э - "эволюции", а С?

(no subject)

From:

ptichman.livejournal.com - Date: 2008-05-30 02:34 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From:

vasja-iz-aa.livejournal.com - Date: 2008-05-30 03:44 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From:

ptichman.livejournal.com - Date: 2008-05-30 03:48 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From:

vasja-iz-aa.livejournal.com - Date: 2008-05-30 04:58 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: (Anonymous) - Date: 2008-06-02 07:17 am (UTC) - Expand

(no subject)

From:

vasja-iz-aa.livejournal.com - Date: 2008-05-30 03:42 pm (UTC) - Expand

From:

shvarz.livejournal.com

Не совсем так. Нейтральная эволюция все еще очень активно обсуждается в эволюционной литературе (я совсем недавно ее перерывал как раз на это предмет). Поскольку "нейтральными" считаются все мутации у которых s<1/Ne, все упирается в вычисление Ne для реальных видов. Системы оценки Ne - очень разные и очень противоречивые. Например, оценки Ne для HIV внутри одного человека разнятся от 10^3 до 10^6. Соответственно и доля мутаций, которые можно считать нейтральными, меняется радикально, в зависимости от этих оценок. Я уж не говорю о том, что серьезных работ по оценке s для случайной мутации в геноме - кот наплакал.

(no subject)

From:

vasja-iz-aa.livejournal.com - Date: 2008-06-02 04:00 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From:

shvarz.livejournal.com - Date: 2008-06-02 04:18 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From:

vasja-iz-aa.livejournal.com - Date: 2008-06-02 05:04 pm (UTC) - Expand

From:

Утром подумал об этом, и растерялся в непонятках. Я не ёрничаю; я действительно что-то не понимаю. Скажите, пожалуйста, какие ошибки содержатся в следующем параграфе:

В 1990е-2000е годы появилось много публикаций в научных журналах, в том числе в Nature, определяющих родство различных таксонов живых существ (отрядов плацентарных млекопитающих; плацентарных, сумчатых и однопроходных млекопитающих и т. д.) и время жизни их последнего общего предка, основываясь на расхождениях в их ДНК. Например, подсчитали, что общий предок плацентарных и сумчатых млекопитающих жил в раннем меловом периоде, около 140 миллионов лет назад, а общий предок плацентарных с сумчатыми и однопроходных - в позднем юрском периоде, около 166 миллионов лет назад. Это время вычислили, сопоставив разницу в их ДНК (либо полных геномов, либо ортологичных генов или псевдогенов), калибруя скорость ее расхождения по данным палеонтологии. Этот метод предполагает то, что ДНК изменяется более или менее с постоянной скоростью и случайно, то есть ДНК является "молекулярными часами". Понятно, что без дисклеймера "более или менее" это утверждение ложно; существуют мутации в одном кодоне, которые несовместимы с жизнью организма, даже будучи рецессивными. Но такие мутации очень редки; подавляющее большинство мутаций слабо отражаются на фитнессе своего носителя, и передаются из поколения в поколение; сопоставив ДНК человека и утконоса, можно подсчитать, сколько миллионов лет назад жил их общий предок: число мутаций, появившихся в цепочке потомков общего предка, которая привела к человеку, должно приблизительно равняться числу мутаций, появившихся в цепочке потомков общего предка, которая привела к утконосу. Если бы это было не так, то есть, если бы большинство мутаций сильно отражалось на фитнессе своего носителя, то изменения в ДНК отражали бы только естественный отбор, и ни о каких молекулярных часах речь бы не шла. Насколько я знаю, споры о границах применимости молекулярных часов все еще идут, но даже их противники не считают их лженаукой, а основанные на этом понятии статьи публикуются в Nature. Утверждение "подавляющее большинство мутаций слабо отражаются на фитнессе своего носителя, и передаются из поколения в поколение" сделали несколько биологов в конце 1960х годов; первым это сделал японский биолог Мото Кимура. Научное сообщество сначала приняло эту гипотезу в штыки, но по мере развития генетики и расшифровки ДНК разных живых существ в 1980е-1990е годы она стала получать все больше подтверждений. Британское Королевское Общество наградило Кимуру Дарвиновской медалью. Следовательно, пример Кимуры показывает то, что утверждение Кордонского о том, что сомнение в СТЭ (если под "эволюцией" "сущего" подразумевается именно она) приводит к отлучению ученого от научного сообщества, является фактически ложным.

From:

СТЭ не требует, что бы все мутации были полезными носителю. Теория Кимуры даже по его собственному мнению опровержением или заменой СТЕ не являлась. Этого достаточно?

а Кордонский в статьe множественно и сильно неправ, я его анализа защищать не возмусь.

From:

Ага, теперь понятно.

From:

Mало, значит. Ну вот Вам еще:

>число мутаций, появившихся в цепочке потомков общего предка, которая привела к человеку, должно приблизительно равняться числу мутаций, появившихся в цепочке потомков общего предка, которая привела к утконосу. Если бы это было не так,

Вот до сих пор очень правильно

>то есть, если бы большинство мутаций сильно отражалось на фитнессе своего носителя, то изменения в ДНК отражали бы только естественный отбор

а вот это вот совсем зря, неправильно
>, и ни о каких молекулярных часах речь бы не шла.

а теперь опять правильно.

Gene. 2000 Dec 30;261(1):27-33. Links
Neutralism and selectionism: the molecular clock.Ayala FJ.
Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Irvine, CA 92697-2525, USA. fjayala@uci.edu

The neutrality theory predicts that the rate of molecular evolution will be constant over time, and thus that there is a molecular clock for timing evolutionary events. It has been observed that the variance of the rate of evolution is generally larger than expected according to the neutrality theory. Several modifications of the theory have been proposed to account for the 'overdispersion' of the molecular clock, by postulating effects attributed to generation-time, population size, slightly deleterious mutations, repair mechanisms, and the like. An extensive investigation of two proteins, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (GPDH) and superoxide dismutase (SOD), manifests that none of these modifications can simultaneously account for the disparate patterns observed in both proteins. GPDH evolves very slowly in Drosophila species, but several times faster in mammals, other animals, plants, and fungi. SOD evolves very fast in Drosophila species and also in mammals, but much more slowly in other animals and still slower when plants and fungi are compared to one another, or to animals.

.....

In order to account for the apparent observation that the rate of amino acid substitution was constant over time, the neutrality theory postulated that the neutral mutation rate of amino acids was constant over time (Kimura; Kimura and Kimura). Ohta and Kimura (1971) statistically tested the neutrality hypothesis under the assumption that the number of substitutions has a Poisson distribution, with mean kt (where t is the age of the lineage in years). The Poisson process predicts that the variance, V, will be equal to the mean, M, so that their ratio, R=V/M=1. Ohta and Kimura's (1971; see Kimura and Gillespie) investigation of three proteins ( globin, β globin and cytochrome c) concluded that R 2 and suggested reasons why the clock might be somewhat ‘overdisperssed,’ that is, R>1. Langley and Fitch) conducted an investigation of the same three proteins plus fibrinopeptide A in 18 vertebrate species and statistically rejected the neutrality hypothesis for overall rates (comparisons among branches), for relative rates (comparisons among proteins within branches), and for the total process. The matter was considered settled by many after an extensive study by Gillespie (1989; see Gillespie, J.H., 1991. The Causes of Molecular Evolution, Oxford University Press, New York.1991). The value of R for 20 proteins spread from 0.32 to 43.82; 12 values were significantly greater than 1, as was the average, R=6.95 (corrected value by using weights from replacement substitutions; uncorrected R=8.26).

From: